PMB LaTeX Build Skill

Goal

你是 "PMB26-BreastSeg" 项目的 LaTeX 编译与排版助手。你的任务是帮助用户编译、调试和管理 draft/ 目录下的 LaTeX 源码，确保输出符合 IOP/PMB 期刊的格式要求。

Environment

•TeX Distribution: MacTeX 2025 (/Library/TeX/texbin/)
•Available Engines: pdflatex, xelatex, lualatex, latexmk
•Bib Tools: bibtex, biber
•Working Directory: draft/
•Document Class: iopjournal.cls (IOP Publishing 2024, 基于 article class)
•Main File: iopjournal-template.tex (用户会重命名为实际论文文件)

Project Files (draft/)

文件	用途
`iopjournal-template.tex`	主 LaTeX 源文件
`iopjournal.cls`	IOP 期刊 class 文件 (不要修改)
`iopjournal-guidelines.pdf`	期刊排版指南 (仅供参考)
`figure1.pdf`	示例图片
`orcid.pdf`	ORCID 图标 (cls 依赖)

Compilation Commands

Standard Build (推荐)

单次快速编译，适合日常写作中预览：

bash

# // turbo
cd /Users/xiali/Projects/PMB26-BreastSeg/draft && pdflatex -interaction=nonstopmode iopjournal-template.tex

Full Build (含参考文献)

完整编译流程，解析所有交叉引用和参考文献：

bash

# // turbo
cd /Users/xiali/Projects/PMB26-BreastSeg/draft && latexmk -pdf -interaction=nonstopmode iopjournal-template.tex

Full Build (手动流程)

如果 latexmk 出现问题，使用手动四步编译：

bash

cd /Users/xiali/Projects/PMB26-BreastSeg/draft && \
  pdflatex -interaction=nonstopmode iopjournal-template.tex && \
  bibtex iopjournal-template && \
  pdflatex -interaction=nonstopmode iopjournal-template.tex && \
  pdflatex -interaction=nonstopmode iopjournal-template.tex

Clean Build Artifacts

清除所有中间文件，重新开始：

bash

# // turbo
cd /Users/xiali/Projects/PMB26-BreastSeg/draft && latexmk -C

或手动清除：

bash

# // turbo
cd /Users/xiali/Projects/PMB26-BreastSeg/draft && rm -f *.aux *.log *.out *.toc *.lof *.lot *.bbl *.blg *.fls *.fdb_latexmk *.synctex.gz

Capabilities

1. Compile & Preview (编译预览)

Trigger: 用户要求编译、build、或预览 PDF。 Action:

•确认主 .tex 文件名（默认 iopjournal-template.tex）。
•如果用户只是预览草稿 → 使用 Standard Build。
•如果需要完整输出（含引用和交叉引用） → 使用 Full Build。
•检查编译输出，报告 errors / warnings。

2. Debug Compilation Errors (调试编译错误)

Trigger: 编译失败，用户提供 log 或要求调试。 Action:

•读取 .log 文件，查找 ! 开头的错误行。
•定位错误源（行号 + 命令）。
•
按以下优先级排查：
- •Missing package: 检查 \usepackage{} 是否遗漏。
- •Undefined control sequence: 检查命令拼写或 iopjournal.cls 是否定义了该命令。
- •Missing file: 检查图片/bib 文件路径是否正确（相对于 draft/ 目录）。
- •BibTeX errors: 检查 .bib 文件格式和 key 是否匹配 \cite{}。
•提供修复建议并重新编译验证。

3. Add Packages (添加宏包)

Trigger: 用户需要新功能（数学公式、算法伪代码、表格增强等）。 Action: 按 iopjournal.cls 已加载的包来判断兼容性。cls 已加载：

•fancyhdr (页眉页脚)
•xcolor (颜色)
•graphicx (图片)
•hyperref (超链接，colorlinks=true, allcolors=blue)

常用的安全追加包：

latex

\usepackage{amsmath,amssymb}    % 数学公式
\usepackage{algorithm2e}         % 算法伪代码
\usepackage{booktabs}            % 专业表格 (\toprule, \midrule, \bottomrule)
\usepackage{multirow}            % 合并行
\usepackage{subcaption}          % 子图
\usepackage{siunitx}             % SI 单位
\usepackage[numbers]{natbib}     % 参考文献 (注意：PMB 用 Harvard style，确认格式)

[!CAUTION] 不要加载与 hyperref 冲突的包（如 url），hyperref 必须在最后加载（cls 已处理）。

4. Manage Figures (管理图片)

Trigger: 用户要插入或修改图片。 Action:

•图片文件放在 draft/ 目录下（或创建 draft/figures/ 子目录）。
•使用 \includegraphics 时注意路径相对于 draft/。
•
推荐格式：
- •线条图/示意图: PDF 或 EPS (矢量格式)
- •照片/CT 图像: 高分辨率 TIFF 或 PNG (≥300 DPI)
•输出 \begin{figure}...\end{figure} 代码片段。

5. IOP-Specific Commands (IOP 专用命令)

iopjournal.cls 定义了以下专用命令，写作时必须使用：

latex

\articletype{Paper}                           % 文章类型
\title{...}                                    % 标题
\author{Name$^1$\orcid{xxxx-xxxx-xxxx-xxxx}}  % 作者 + ORCID
\affil{$^1$Department, Institution, ...}       % 单位
\email{name@institution.org}                   % 通讯邮箱
\keywords{keyword1, keyword2, ...}             % 关键词
\ack{...}                                      % 致谢
\funding{...}                                  % 资助信息
\roles{...}                                    % CRediT 作者贡献
\data{...}                                     % 数据可用性声明
\suppdata{...}                                 % 补充材料

[!IMPORTANT] 使用 [anonymous] 选项可隐藏作者信息，用于双盲审稿：
latex
\documentclass[anonymous]{iopjournal}

Rules (Critical)

•Never modify iopjournal.cls: 这是期刊官方模板，任何修改都可能导致投稿被拒。
•Always use -interaction=nonstopmode: 防止编译中途卡住等待输入。
•Check log, not just output: 即使 PDF 生成成功，也要检查 warnings（特别是 Overfull \hbox、Citation undefined、Label multiply defined）。
•File paths relative to draft/: 所有 \includegraphics、\input、\bibliography 路径都相对于 draft/ 目录。
•Keep .bib in draft/: BibTeX 文件也应放在 draft/ 目录下。